يتميز برنامج (إجازة أون لاين) بالمستوى العلمي الرفيع الذي يوفره لخريجيه من خلال ركنين أساسيين: الركن الأول: مراعاة أعلى معايير الضبط والإتقان قبل منح الإجازات المسندة أو شهادات الإتقان في القراءة والحفظ. لقد اشتكى كثيرون في العالم الإسلامي، على امتداد العقود الأخيرة من حالة "التساهل" التي تصل حد "التسيب" في منح الإجازات القرآنية، مما دفع بأعداد كبيرة من المجازين الذين لا ينبغي ابدا أن يتصدوا لهذه الأمانة العظيمة والمسئولية الكبيرة لإقراء غيرهم وتأهيلهم بدورهم للقراءة والإقراء. إن تلقي العلوم الإسلامية ونشرها من أعظم المسئوليات التي نتحملها كمسلمين. ومن أشرف هذه العلوم حفظ كلام الله تعالى وتعليمه. لقد تعهد الله تبارك وتعالى بحفظ كتابه العزيز فقال سبحانه (إنا نحن نزلنا الذكر وإنا له لحافظون)، ومن أسباب حفظه أن يسر الله تعالى علوما لحفظ كتابه وضبطه ونقله عبر أجيال المسلمين تماما كما أنزل على رسول الله صلى الله عليه وسلم، وحيث يتلقى طلاب هذا العلم المبارك إجازات بأسانيد متصلة إلى رسول الله صلى الله عليه وسلم. لقد قام قسم الدراسات القرآنية بجامعة مشكاة، بتنظيم طريقة الدراسة ومنح الشهادات والإجازات القرآنية بأساليب دقيقة منضبطة، بحيث يحتاج الطالب إلى شهادة شيخه، وإلى اجتياز امتحان أمام لجنة علمية رفيعة المستوى، ليحصل على إجازة معتمدة من الجامعة في الحفظ أو القراءة أو الإقراء. إن هذا التدقيق الصارم من شأنه أن يُطمئن الطالب على جودة تحصيله وجودة المنهج الذي قام على دراسته، كما يُطمئن كل من يتعامل مع هذا الخريج بعد ذلك إلى كفاءته وقدراته العلمية. إن منح الشهادة الدراسية لمستحقيها ينشر موجات من الثقة بين أبناء الأمة ويصون حرمة العلم، كما أن إعطاءها لغير مستحقيها يشيع عدوى الغش والتزوير والتدليس ويُضعف قدرات الأمة، فالحسنة تدل على أختها، والسيئة كذلك. لقد أصبحت شهادات (إجازة أون لاين) عبر أكثر من عشر سنوات منذ انطلاقها، علامة إتقان وجودة، يشرف بتحصيلها الخريجون، ويطمئن لقيمتها من يتعاملون معهم. الركن الثاني: وضع قسم الدراسات القرآنية بجامعة مشكاة ضوابط في اختيار فريق التدريس، ووضع أسلوبا لعمل المجلس العلمي. ضوابط اختيار فريق التدريس: أولاً: حفظ القرآن الكريم ثانيًا: الإلمام التام بأحكام التجويد علميا وعمليا لرواية واحدة على الأقل (أكثر من نصف المدرسين مجازون بالقراءات العشر) ثالثًا: الإلمام التام بعلم الوقف والابتداء والرسم والفواصل رابعًا: تحصيل طرف من علوم القرآن الكريم والتفسير خامسًا: العلم بقواعد اللغة العربية، في النحو والصرف سادسًا: حفظ كتاب شامل لما يُقرئ به من أصول القراءات وفرشها لئلا يداخله الوهم والغلط. سابعًا: الخبرة العملية المتناسبة مع المسار الذي يقوم بتدريسه ثامنًا: السمت الإسلامي تاسعًا: ألا يُقرئ إلا بما أجيز فيه إن مراعاة هذين الركنين، وفر لخريجي (إجازة أون لاين) مستوى علميا راقيا، جعل بعضهم يحصدون الجوائز الأولى في عدة مسابقات دولية للقرآن الكريم. وحتى الخريجين الذين اضطروا لإعادة اختبارات تخرجهم أكثر من مرة، وربما آلمهم هذا في حينه، إلا أنهم حمدوا للجامعة بعد ذلك هذا الحرص على مستواهم العلمي، ورأوا ثمرته في الحياة العملية بعد ذلك عندما تصدوا لتعليم غيرهم وإجازتهم بدورهم.